李應祥，明湖廣九溪衛（今屬臨澧縣）人。由武生從軍，以功晉升廣西思恩參將。

神宗萬歷七年（1579）隨湖廣巡撫張任大征十寨，設三鎮筑城列戌有功，升松潘（今四川松潘縣）副總兵，留廣西任職。旋以功遷五軍營副將。

十三年，改南京左府事，出任四川總兵官。時，四川松茂一帶少數民族首領列四十八寨，經常相率起事。歷任督撫，征討無效。十四年，四川巡撫徐元泰決計集兵征討，應祥受命節制。各寨人數雖多，而遇急不能相救。加以大軍集結，四面包圍，河東、河西各寨皆受重創，旋平四十八寨。

同年，建昌、越雋諸衛酋領率眾起事。徐元泰復征兵一萬八千人，由應祥統率，進行征討。至十五年七月，建昌、越雋‘諸番悉平。應祥以功晉升都督同知。后因冒領軍，被御史傅需彈劾罷職二十七年，播州土司楊褫應龍起兵反。朝廷急調四川巡撫李化龍充四川、湖廣、貴州三省總督，統兵征剿。貴州總兵官童元鎮以玩忽職守罷去。化龍薦應祥代元鎮任總兵，從征播州。事定，應祥還鎮銅仁。二十九年（1601）改鎮四川。后病卒于官邸。朝廷以平播州功贈左都督。